Dr Martin Tabakow z Wydziału Informatyki i Zarządzania Politechniki Wrocławskiej prowadzi badania, które mogą przyspieszyć diagnozowanie nowotworu piersi typu HER2. – Liczymy, że nasze wyniki uda się zastosować w praktyce – mówi naukowiec
- Diagnostyka dotyczy specyficznego typu nowotworu gruczołu piersiowego – wyjaśnia dr Tabakow. – Białko HER2 to znajdujący się na powierzchni komórek receptor, który ma wpływ na wzrost i podział komórki. Występuje zarówno w zdrowych, jak i chorych komórkach. Na powierzchni komórek rakowych dochodzi do intensywnego wzrostu receptora HER2, czyli nadekspresji. To bardzo agresywna forma choroby.
Jedną z metod leczenia nowotworu tego typu jest hodowanie celowanych przeciwciał, które łączą się z białkiem na poziomie molekularnym (tzw. dokowanie molekularne). Przeciwciało jest elementem obcym, stymuluje więc system immunologiczny chorego do walki z komórką nowotworową.
- Na tym właśnie polega leczenie celowane. Praca nad takimi lekami to kwestia rozwiązania bardzo złożonego problemu trójwymiarowego typu „tetris” – tłumaczy dr Tabakow. - Mamy zbiór aminokwasów, który trzeba najlepiej dopasować do przeciwciał. W tym miejscu stosujemy złożone algorytmy heurystyczne. To bardzo złożony problem informatyczny, który obejmuje w tym przypadku również obszar badań interdyscyplinarnych: medycynę i chemię. Takie interdyscyplinarne projekty to przyszłość nauki, w której naukowcy współpracują ze sobą.
Dr Martin Tabakow zakończył prace w grancie finansowanym przez Narodowe Centrum Nauki. W ramach projektu opracowywał nową procedurę diagnostyczną oraz analizy obrazu z biopsji gruczołów piersiowych z podejrzeniem HER2. – Leczenie celowane stosowane jest u osób, u których istnieje największe prawdopodobieństwo tego, że przeciwdziała się odpowiednio „zwiążą”. Trzeba więc rozpoznać odpowiednią postać choroby. Problem zaczyna się w przypadku wyników biopsji niejednoznacznych, w których nie można ocenić, czy stopień ekspresji receptora HER2 jest wystarczająco wysoki, czy nie.
Naukowiec wyjaśnia, że obecnie wszystkie „niejasne” próbki biopsji wysyłane są na dodatkowe badanie, tzw. test FISH, a to znacznie wydłuża diagnostykę. - Cała koncepcja moich badań polegała na tym, żeby metodą analizy obrazu spróbować stwierdzić już w pierwszej fazie badań, czy w pobranej biopsji występuje odpowiednia nadekspresja HER2, czy też nie. Znaleźliśmy współczynniki, które nawet dla trudnych przypadków rozróżniają zbiory tych komórek.
W projekcie uczestniczyło wielu naukowców z różnych dziedzin - profesor Halina Kwaśnicka z Katedry Inteligencji Obliczeniowej PWr (kierownik projektu), profesor Piotr Dzięgiel z Katedry i Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego, doktorantka z Uniwersytetu Ekonomicznego, ale też studenci i doktoranci z Politechniki Wrocławskiej.
Dr Martin Tabakow: - Jestem opiekunem koła naukowego Informatyki Biomedycznej „BMI”. Uważam, że trzeba wychwytywać i odkrywać młodych ludzi, którzy może jeszcze nie mają dużej wiedzy, ale za to otwarty umysł i są kreatywni. Staram się właśnie takich studentów angażować do moich projektów. Potem powstają wspólne publikacje naukowe oraz projekty wdrożeniowe, niezwykle ważne z punktu widzenia badań przemysłowych.
Naukowiec przygotowuje się do złożenia kolejnego grantu, będącego kontynuacją dotychczasowych badań w tej dziedzinie. - Jeżeli uda nam się bez żadnych wątpliwości stwierdzić, że nasze rozwiązania są skuteczne w tej najtrudniejszej w ocenie grupie badawczej, pozwoli to wyeliminować test FISHA. Co w konsekwencji znacznie przyspieszy diagnostykę w chorobie nowotworowej piersi. Będzie to naprawdę wielkie osiągnięcie.
Iwona Szajner
*Dr Martin Tabakow urodził się w Sofii w rodzinie polonii bułgarskiej. Do Wrocławia przyjechał na studia zaraz po tym, jak ukończył jedną z najlepszych szkół średnich w Bułgarii. Jego brat – Paweł Tabakow – jest doktorem nauk medycznych z dziedziny neurochirurgii w Uniwersyteckim Szpitalu Klinicznym we Wrocławiu. To właśnie on rozpoczął prace nad nowatorską metodą przeszczepiania komórek glejowych do rdzenia kręgowego. Dr Martin Tabakow ukończył Politechnikę Wrocławską w 2000 r., pracę doktorancką obronił w 2004, a od 2005 jest pracownikiem naukowo - dydaktycznym na Wydziale Informatyki i Zarządzania. W chwilach wolnych lubi spędzać czas z rodziną (ma dwóch synów), oglądać filmy science fiction i grać w piłkę nożną.
|